Если у вас на сайтена Joomla не установлено никаких сторонних  SEF расширений, то стандартный SEF ссылки на главную страницу сформирует так:
http://site.ru/component/option,com_frontpage/Itemid,1

что не очень удобно, т.к.

1. Один и тот же контент на site.ru и http://site.ru/component/option,com_frontpage/Itemid,1- поисковые системы это не очень любят.

2. Это просто некрасиво)

Лечим это так:
1. Находим файл includes/sef.php
2. В нём строки

// Home index.php
		if ($string=='index.php') {
			$string='';
		}

заменяем на

// Home index.php
if (($string=='index.php')||($string=='index.php?option=com_frontpage&Itemid=1')) {
$string='';
}

После этого проблема должна исчезнуть. Главная страница сайта будет отображаться как site.ru/ Успешно проделал на Joomla 1.0.15