Если вам нужно удалить все пустые строки в файле, в редакторе notepad++ нужно запустить поиск (Ctrl+F), включить пункт «регулярные выражения» и выполнить поиск-замену:
заменить это
\n\r
На это
\0
Можно, конечно, воспользоваться плагином TextFX, но это решение не сложнее.